Buaya tembaga biasanya menghabiskan masa musim hujan tropika di sungai dan paya air tawar, berulang ke hulu hilir ke kuala pada musim kering, dan kadang kala bergerak jauh ke laut. Buaya bertarung dengan bengis bagi mempertahankan kawasan, dengan buaya jantan yang kuat kebiasaannya menduduki kawasan anak sungai dan alur terbaik. Buaya remaja dengan itu terpaksa ke sistem sungai lebih kecil atau kadang kala ke laut. Ini menjelaskan mengapa taburan meluas buaya tembaga (dari pantai barat India sehingga Utara Australia) dan juga mengapa ia kadang-kala didapati di kawasan pelik (seperti Laut Japan, seumpamanya). Kepantasan buaya tembaga di bawah air boleh mencecah sehingga 12 hingga 15 batu sejam dalam jarak pendek, tetapi mampu bergerak 2 hingga 3 batu.

Haiwan ini dipanggil buaya muara kerana biasanya hidup berkelompok dan menunggu mangsa di muara-muara atau pertemuan satu sungai dengan sungai lainnya. Buaya akan mendekati tebing sungai ketika air pasang. Buaya ini biasa keluar dari sarang pada petang hingga malam hari untuk mencari mangsa. Dipanggil juga buaya tembaga kerana ia mampu melompat keluar dari air untuk menyerang mangsanya sama ada atas pokok, jeti, tebing dan kapal. Bahkan bila kedalaman air melebihi panjang tubuhnya, buaya muara mampu melompat serta menerkam dengan mencapai ketinggian yang sama dengan panjang tubuhnya.

Ia dipanggil buaya tembaga kerana berkembang biak pada musim hujan (bulan November - Mac) ketika air sungai di bahagian muara menjadi sangat keruh seperti warna tembaga dan membina sarang yang terdiri dari tumbuh-tumbuhan dan gumpalan tanah. Selalunya 50 biji telur dan pengeraman berlangsung antara 65-110 hari. Buaya betina biasanya yang menjaga sarang dengan berwaspada dan ini menyebabkan buaya menyembunyikan telur dalam lubuk terdekat. Suhu penetasan menentukan jenis jantina dari telur buaya. Pada suhu sangat tinggi atau suhu rendah akan menetaskan buaya betina, dan suhu dari 31-32 darjah Celcius akan menetaskan buaya jantan. Di kirakan bahawa telur-telur yang disimpan hanya satu perempat dari 50 biji sahaja yang akan menetas. Ini adalah kerana ancaman pelbagai haiwan yang suka memakan telurnya seperti ular, biawak, helang dan lain-lain.